Acabo d’actualitzar el WordPress a la nova versió 2.9, realment va ser un encert decidir instal·lar-lo en el seu moment des del svn, doncs amb menys de 2 minuts ho he tingut enllestit.
És tant facil com fer:

svn sw http://core.svn.wordpress.org/tags/2.9/ .
i despres carregar la url /wp-admin/upgrade.php

Ja estic a la nova versió 2.9, de moment sembla que cap problema .